Lass sie einfach aus dem Ablaichkasten raus. Die Dinger aus Plastik sind sowieso Quälerei für das Muttertier und die Jungen. Durch die schlechte Belüftung wirst du bald Probleme mit Keimen darin haben, und daran können die Kleinen sterben.
Bei Lebendgebärenden kommen immer ein paar durch. Separat aufziehen sollte man sie nur, wenn man für die vielen Jungfische bereits einen Abnehmer hat. Mollys lassen sich aber schlecht verkaufen. Lass der Natur ihren Lauf, dann reguliert sich der Bestand von selbst.
In deiner Antwort hast du geschrieben, dass die Fische in einem 54L Becken sind. Für die Mollys ist das auf Dauer viel zu klein!