Also ich habe folgende Erfahrung gemacht (getestet mit der GTX 760)

Normalerweise ist es so, dass die Mainboardanschlüsse (in meinem Falle 2)nur genutzt werden, sollte keine Grafikkarte im Computer eingebaut sein.

Baust du dann aber eine Grafikkarte ein (z. B. die GTX 760 mit 4 Bildschirmanschlüssen) werden die Anschlüsse vom Mainboard automatisch deaktiviert, da die meisten OnBoard "Grafikkarten" vom Prozessor oder vom Arbeitspeicher betrieben werden. Dieser soll nicht die Last tragen, die die Grafikkarte tragen soll, und die Mainboardanschlüsse werden deaktiviert, um mehr Leistung für die wichtigen Dinge freizugeben.

Du wirst auch (auch bei Nvidia nachlesbar) nicht mehr Anschlüsse bekommen können, wenn du dir z. B. mehrere Grafikkarten einbaust und sie mit SLI verbindest, da dann nur die erste als Anschlusskarte, und die zweite als reine Leistungskarte gewertet wird.

Dies ist mit dem Mainboard denke ich praktisch das Selbe, nur dass der Grafikchip hier ganz deaktiviert wird.

So funktionieren bei mir die Mainboardanschlüsse nicht mehr, wenn ich mir eine Grafikkarte eingebaut habe.

Ich hoffe ich konnte dir hiermit ein wenig weiterhelfen,

Grüße 
Alexokratis