Ich bin Atheist und sage nicht dass der Islam böse ist, ich gehöre also nicht zu den "vielen Atheisten", die das sagen.

Eine Ideologie (und ich sehe Religionen als Ideologie) ist nicht per se böse, weil böse sich ja einer exakten Definition entzieht, also subjektiv ist, wie du richtig schreibst. Als böse empfunden werden ja allgemein strafrechtlich relevante Tatsachen, und das dürfte bei Atheisten nicht anders sein als beim Rest der Bevölkerung. Und nur weil ein Atheist nicht an Götter glaubt, wird sich nicht jeder Atheist mit der Subjektivität von gut und böse detailliert beschäftigt haben. Böse ist philosophisch betrachtet also keine Religion oder Ideologie, aber wenn man etwa den kategorischen Imperativ als nicht böse betrachtet (ich vermeide hier absichtlich den Begriff "gut", weil auch subjektiv), so verbleiben als Unterscheidung von "Böse" und "nicht böse" in der täglichen Praxis nur die Gesetze. Da eine Ideologie nicht selbst handelt, sondern der einzelne Mensch, kann demnach eine Ideologie nicht böse sein, sondern eben nur der handelnde Mensch als Individuum. In dem Sinne kann also ein Muslim böse sein, oder aber nicht seine Ideologie, respektive Religion. 

So sehe ich das. Andere Atheisten werden dies womöglich, sogar wahrscheinlich, anders sehen. Also insbesondere die "vielen Atheisten", die von denen du sprichst. Vielleicht erhältst ja eine Antwort von denen.