Bei der standesamtlichen Trauung darf die Religionszugehörigkeit gar keine Rolle spielen, weil sich sonst unser Staat nicht an die im GG zugesicherte Religionsfreiheit halten würde.
Bei der Kirchlichen Trauung sollte das aber auch keine Rolle spielen. Die Trauzeugen sollen einfach nur bezeugen können, dass die Trauung stattgefunden hat. Das war in früheren Jahrhunderten manchmal wichtig, wenn durch Kriege ganze Dokumentenbücher (Familienstammbuch oder ganze Kirchenbücher) verloren gingen. Aber diese Bezeugung kann ein Mensch ja ganz unabhängig von seinem Glauben vornehmen.
Dennoch ist es möglich, dass es irgendwo einen anachronistischen Pastor gibt, der einen Andersgläubigen nicht als Trauzeuge akzeptieren möchte. Ich persönlich würde mich dann an das Bistum wenden.