Idee:

2. Fenster öffnet sich, wenn ein Icon angeklickt wird > darauf hin kann es kein 2. Mal geöffnet werden, sondern das 2. Fenster wird wieder hervorgehoben:

public Info_OpenInfoWindow() throws IOException {
 Stage info = new Stage();
 if (getMainInstance.getInfoWindowCounter() == 0) {
    getMainInstance.setInfoWindowCounter(1);
    info.setAlwaysOnTop(true);
 ...
 } else {
     if (!info.isFocused()) info.toFront();
     System.out.println(info.isFocused());
 }
}

Jedoch wird mir immer false (Z. 8) wiedergegeben, weil das Fenster ja nicht fokussiert ist. Wie kann ich das bereits geöffnete Fenster wieder hervorheben?

Mit

info.show();

würde einfach ein weiteres Standardfenster ohne Inhalt geöffnet werden.