US-amerikanische Medien berichteten im Januar 2005 darüber, dass konservativ-christliche Gruppen in den USA behaupteten, SpongeBob sei homosexuell. Der Hintergrund davon war, dass Dr. James C. Dobson, Gründer der christlichen Organisation Focus on the Family, öffentlich ein Musikvideo angriff, das für Toleranz gegenüber Minderheiten, Menschen anderer Hautfarbe und sexueller Orientierung warb. Bei dem Video handelte es sich um eine Neuauflage des Hits We Are Family von 1979, in dem neben SpongeBob verschiedene Figuren aus dem Kinderfernsehen auftreten. Das Video stammte von einer gemeinnützigen Organisation, die Nile Rodgers, der Autor des Liedes, nach den Terroranschlägen vom 11. September 2001 ins Leben rief. Dobson nutzte bei seiner Aktion den Bekanntheitsgrad von SpongeBob aus, um die politischen Ziele seiner Organisation bei Familien mit Kindern bekannt zu machen.^[13][14]

In der US-amerikanischen Schwulenkultur gilt SpongeBob, wie auch beispielsweise Tinky-Winky von den Teletubbies, schon seit Längerem als schwule Figur. Sein übertriebener Optimismus, seine emotionale Persönlichkeit, sein nicht selten weichlich wirkendes Verhalten und seine Vorliebe für bunte Inneneinrichtung passen zur Camp-Kultur, die in den USA als Lebensstil von großstädtischen Intellektuellen und Schwulen gilt.^[13][14]

Stephen Hillenburg, der Erfinder von SpongeBob, lehnte solche Spekulationen jedoch ab. Für ihn waren SpongeBob und die anderen Figuren zwar „etwas seltsam“, aber „asexuell“ (haben also gar keine wirklichen sexuellen Interessen/Neigungen). Zudem wird in der Serie häufig gezeigt, dass SpongeBob dem weiblichen Geschlecht nicht abgeneigt scheint: So hegt er immer wieder eine heimliche Liebe zu seiner besten Freundin Sandy.

Daraus schließe ich, dass er ein Junge ist.