Eine Abmeldung vom Religionsunterricht ist zu jeder Zeit und mit sofortiger Wirkung möglich. Anders ist es mit der Teilnahme an einem anderen Unterricht: reli einer anderen Konfession oder Ethik. Da kann die Schule die Entscheidung treffen, dass die Teilnahme erst zum Schulhalbjahr oder zum neuen Schuljahr möglich ist.

Diese Regelungen werden aber meist deswegen getroffen, damit keine große Fluktuation entsteht, denn ab dem 14 Lebensjahr können Schüler selbst darüber bestimmen, in welchem Bekenntnis sie unterrichtet werden wollen.

In Deinem Fall hat ja wohl die Sekretärin das Problem verursacht, weil sie das nicht notiert hat. Darauf würde ich mich zurückziehen und den Ball an die Schule zurückgeben. Die soll das lösen - und wenn das nicht funktioniert dann würde ich die Schulaufsicht bitten, für eine Lösung zu sorgen (nicht als Beschwerde).

Das Recht auf jederzeitige Abmeldung ist ein Recht aus dem GG. Wenn die Schulleiterin da anderes behauptet, braucht sie Nachhilfe. In der Regel ist den Schulleitern das aber bekannt, sie regeln das an ihrer Schule aber so, wie es sich am einfachsten handhaben lässt. Ist aber eine gute Grundlage für das Schreiben an die Schulaufsicht.