Diesen Begriff kenne ich auch nach fast 5 Jahren Chemiestudium noch nicht ;) . Scheint eines dieser Worte zu sein die fast ausschließlich im Chemieunterricht an der Schule existieren...
Moleküle sind Teilchen aus mehreren kovalent aneinander gebundenen Atomen (kovalent: die Elektronen werden, im Gegensatz zur ionischen Bindung nicht komplett an den Bindungspartner abgegeben, sondern zwischen beiden Bindungspartnern "dauerhaft" geteilt), Substanz ist ein anderes Wort für Stoff. Eine Molekülsubstanz scheint demnach ein Stoff zu sein, der aus Molekülen besteht, im Gegensatz zu Beispiel zu Substanzen, die aus ionisch gebundenen Atomen bestehen.