Wolverine hat in Weg des Kriegers nur die Krallen für eine gewisse Zeit verloren, nicht sein Adamantiumskelett.
In der Anfangsgeschichte war es wirklich Stryker der ihm des Adamantiumskelett gegeben hat, die ganzen Sachen sind aber hinfällig, weil Wolverine ja die Vergangenheit ändert, also passiert das ja nie. Man sieht sie bei dem rausfischen in der "neuen" und "geänderten" Geschichte, wobei sie sich da als Stryker ausgibt um Wolverine zu retten, weil sie durch den vorherigen Kampf und das Wiedersehn mit Charles merkt, dass sie doch gut im Herzen ist und sie nicht alles zerstören muss wie sie es vorhatte.
Das mit der Geschichtsänderung durch die Zeitreise ist etwas verwirrend, aber schau dir die Filme noch mal genau an, dann verstehst du es :)