Auch der Koran erwähnt Johannes den Täufer. Wie die Mandäer nennen auch die Muslime Johannes Yahya. Auch der Koran schildert, dass Zacharias Nachricht über die Geburt eines Sohnes von Engeln bekam. Er bat Allah um ein Zeichen, woraufhin Zacharias drei Tage lang (anders in der biblischen Version) nicht zu den Menschen (Al-Imran 3:38–41, Maryam 19:10) sprach. Der Koran gibt zwar keine Details zum Leben Johannes’, sagt aber, dass er „Weisheit“ hatte, „als er noch ein Kind war“ (Maryam 19:13).

Der Koran sagt in der Sure 19 (Maryam), in den Versen 7 und 13-15 folgendes über Johannes:[17]

7 "O Zakariyyá, Wir verkünden dir einen Jungen, dessen Name Yahyá ist, wie Wir zuvor noch niemanden Kennzeichen gleich den seinen gegeben haben." 12 "O Yahyá, nimm die Schrift mit (aller) Kraft." Und Wir gaben ihm schon als Kind die Urteilskraft 13 und Mitgefühl von Uns aus und Lauterkeit. Er war gottesfürchtig 14 und gütig gegen seine Eltern, und er war weder gewalttätig noch widerspenstig. 15 Und Friede sei auf ihm am Tag, da er geboren wurde, und am Tag, da er stirbt, und am Tag, da er wieder zum Leben auferweckt wird.

Es wird berichtet, dass Johannes mit wilden Tieren aß, da er den Kontakt mit anderen Menschen fürchtete. Überdies weinte Johannes sehr oft. Dies begründete er damit, dass die Brücke zwischen Hölle und Paradies nur mit Tränen überschritten werden könne.

Die Anhänger Johannes des Täufers werden im Koran vermutlich als Sabäer bezeichnet. Sie genießen, da sie Anhänger einer Buchreligion sind, im islamischen Staat besonderen Schutz, wenn sie die Jizyah (eine Steuer für Christen, Juden und Sabäer) leisten.