Ist kein Problem, aber je nach Anschluss u.U. wesentlich langsamer als eine interne Platte. 

USB-Festplatten (das ist wohl die Regel...) sind sehr viel langsamer als intern S-ATA-Platten... 

E-SATA Anschlüsse gibt es auch noch, aber nur die wenigstens Controller/Gehäuse haben diese Anschlüsse nach aussen geführt und die Anzahl der Festplattengehäuse mit diesem Anschluss ist auch - nennen wirs - sehr überschaubar... Hiermit erziehlt man die gleiche Geschwindigkeit wie mit externen Platten...

Je nachdem was das Ziel ist - ein Server oder Mediacenter bootet i.d.R. sehr selten neu und da kommt es nicht auf die Sekunden an - würde ich aber davon absehen... Wenn man auf einer USB-Platte wirklich arbeiten will, muss man sich halt an einige "Gedenksekunden" beim Laden von Programmen gewöhnen.

Ich verstehe aber auch die Idee vielleicht nicht richtig: Warum? Also was spricht dagegen, die USB-Platte aus dem Gehäuse zu nehmen und einzubauen?