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Der Verlauf den du beschreibst deutet darauf hin das du einen proprietären Treiber benutzt, ist das richtig ? Wenn dem so ist klingt die Meldung nach dem update nvidia-xconfig völlig normal. nach einem Neustart (des Xservers) soltle dann alles klappen, ich vermute aber das das nicht der Fall ist weil du ja hier postest :-)
Deswegen : Warum installierst du überhaupt manuell ? Benutze doch einfach die "Additional Drivers" funktion deines schönen Ubuntus. (super taste -> dashboard -> "Driver" eingeben) da kannst du ohne irgendwelche manuellen eingriffe tätigen zu müßen mehrere Treiber ausprobieren. :-)
Vermutlich mußt du aber den (händisch heruntergeladenen und installierten ?) aktuellen treiber erst deinstallieren !
have fun :-)