Ich befürchte, da herrscht ein wenig begriffliche Verwirrung.
Zunächst besagt der Begriff "Sekundärliteratur", dass sich diese Literatur mit der Primärliteratur auseinandersetzt.

In den Geisteswissenschaften versteht man unter der Primärliteratur beispielsweise Goethes "Faust" und unter der Sekundärliteratur die germanistische Fachliteratur über Goethe, den Faust oder seine Epoche.

In den Naturwissenschaften verhält es sich mit der Definition der Primärliteratur etwas anders, aber Google und selbst Wikipedia helfen dir da schnell weiter.

Nun zu deiner eigentlichen Frage. Dass man keine Sekundärliteratur verwenden soll, wäre mir neu. Es widerspräche auch den Grundsätzen wissenschaftlicher Praxis.

Man soll ja gerade beweisen, dass man sich nicht nur mit Primärliteratur, sondern auch mit den Theorien und Thesen anderer Forscher in der Sekundärliteratur auseinandersetzen kann; das Ganze natürlich im richtigen Verhältnis (welches von Dozent zu Dozent variieren mag).

Jedenfalls wird die Quelle nicht durch die Verwendung von Fußnoten unbrauchbar oder schlecht, sondern sie macht gerade den Verlauf der Forschung nachvollziehbar.

Wenn Du allerdings aus der Sekundärliteratur zitierst, solltest Du tatsächlich den jeweiligen Autor zitieren. Benennt der Autor per Fußnote eine andere Quelle, muss diese beschafft werden, um zitiert werden zu können.

Zur Not kannst Du noch mit dem Hinweis "zitiert nach Autorname, S. XY" arbeiten; das sollte aber die Ausnahme sein, nicht die Regel.

Ich hoffe, diese Hinweise helfen weiter. Viel Erfolg bei deiner These!

Alchemie hat mit Magie eigentlich nichts zu tun, auch wenn es aus Sicht der heutigen Chemie gerne als Hokuspokus abgetan wird.
Eigentlich versucht der Alchemist, das Wachsen oder die Weiterentwicklung, die er in der Natur vorzufinden glaubt, nachzuahmen (hat mit dem Weltbild zu tun). Daher werden viele Experimente auch als „Geburt“ bezeichnet, mit der Taufe, dem Phönix oder dem Verhalten von Tieren verglichen.
Eigentlich geht es also um die Nachahmung und Perfektion der Natur. Allerdings hat kein Alchemist (oder die allerwenigsten) geglaubt, dass etwas Magisches passiert. Silber ließ sich beispielsweise – im Glauben der Alchemisten – zu Gold „erhöhen“. Aus heutiger Sicht natürlich falsch, allerdings hat der Alchemist es nicht für Magie gehalten, sondern sich das Ganze als Transmutation oder wachsenden Prozess vorgestellt.
Ganzenmüller und Haage haben tolle Bücher dazu geschrieben. Ich hoffe, das hilft weiter :-)

Die Frage lässt sich auf zweierlei Arten beantworten:
Wenn Du Alchemisten suchst, die im Mittelalter bekannt waren & häufig gelesen wurden, ist man teils mit Geber (Latinus), Rhazes, oder Avicenna bei den Klassikern. Das hat mit der Übersetzungswelle in Toledo aus dem Arabischen zu tun.

Bei den tatsächlich im Mittelalter lebenden Alchemisten in der Liste solltest Du auf die einzelnen Biografien achten. Alain de Lille oder Jean de Meung bspw. haben eher „dichterische“ Werke mit teils alchemistischem Inhalt geschrieben. Bei Albertus Magnus & Roger Bacon können wir davon ausgehen, dass sie auch experimentiert haben.

Wilhelm Ganzenmüller hat einiges zu dem Thema geschrieben, wenn Du‘s vertiefen willst.