Wenn du Indesign lediglich für Printmedien/Layout usw. nutzt, kannst du dieses Modul weglassen.
Der Encoder wird benötigt für das Hinzufügen von Filmen und Audiodateien zu den jeweiligen Dokumenten.
Und nein, es entsteht dir kein Nachteil oder "unangenehme Seiteneffekte", sonst würde es vom Hersteller nie als Auswahlmöglichkeit existieren.