Schöne ländlichere Orte gibt es viele, ich würd die Auswahl von der Jahreszeit und der Anreisestrecke abhängig machen. Solltest du kein Japanisch sprechen, würde ich mich erstmal herantasten - wenn du einmal wirklich auf dem Land gelandet bist, spricht kaum jemand Englisch, lesbare Beschilderungen sind selten etc.. Das soll dich nicht von deinem Plan abhalten, man sollte es nur im Hinterkopf behalten und sich ensprechend vorbereiten (Bahnhofsnamen auf Japanisch ausdrucken / im Handy speichern, um sie dann vergleichen oder vorzeigen zu können, Sprachführer / Lexikon bereithalten etc.).

Wenn du eh im Bereich Kansai unterwegs bist oder eine lange Anreise nicht scheust (Railpass), kann ich dir einen Abstecher nach Shikoku sehr empfehlen. Durch die Insellage ist es wirklich ruhig, du hast das Meer und wirklich schöne Natur direkt vor der Tür, Städte wie Matsuyama bieten dir Onsen und Geschichtsträchtiges. Es kann im Sommer allerdings durchaus heiß werden, im Sinne von subtropisch feucht-heiß. In der Zeit würde ich mich lieber gen Norden umschauen.