Zudem ist in den Mitochondrien die innere Membran eingestülpt zur Oberflächenvergrößerung, was bei den Chloroplasten nicht der Fall ist.

Die Einstülpungen werden Christae genannt.

Außerdem heißt die Flüssigkeit in den Mitochondrien Matrix und im Chloroplasten Stroma.

Des Weiteren kann in einem Chloroplasten noch ein Stärkekorn vorhanden sein, dieses gibt es im Mitochondrium nicht.