NADH+H+ und FADH2 geben  H+ ab. Die Protonen gehen in den Intermembran Raum dadurchentsteht ein elektrischer Gradient (außen ist es positiv geladen, innen negativ) um dies auszugleichen wandern die Protonen durch die ATP-Synthase zurück. Dabei entsteht Energie, die dann zur Herstellung von ATP genutzt wird.