Also ich geh mal von Vanilla aus.

/fill ~250 ~ ~250 ~-250 ~ ~-250 minecraft:air 0 replace minecraft:water

Dieser cmd füllt aber nur eine Scheibe.
Wenn du aber einen Bereich füllen möchtest der noch tiefer ust musst du folgendes eingeben.

/fill ~250 ~-10 ~250 ~-250 ~ ~-250 minecraft:air 0 replace minecraft:water

Hier würd ein Feld ausgefühlt das so wie das oben ist nur 10 blöcke tiefer.

Aber Achtung: es kann sein dass der Bereich zu groß ist im dem Fall musst du die Zahlen verkleinern.

Aber guck dir ruch nochmal due minecraft wiki Seite zum thema fill command an.