Also ich geh mal von Vanilla aus.
/fill ~250 ~ ~250 ~-250 ~ ~-250 minecraft:air 0 replace minecraft:water
Dieser cmd füllt aber nur eine Scheibe.
Wenn du aber einen Bereich füllen möchtest der noch tiefer ust musst du folgendes eingeben.
/fill ~250 ~-10 ~250 ~-250 ~ ~-250 minecraft:air 0 replace minecraft:water
Hier würd ein Feld ausgefühlt das so wie das oben ist nur 10 blöcke tiefer.
Aber Achtung: es kann sein dass der Bereich zu groß ist im dem Fall musst du die Zahlen verkleinern.
Aber guck dir ruch nochmal due minecraft wiki Seite zum thema fill command an.