Viele Windows-"Freeware" verwendet Installer, die dir Adware, Toolbars etc. andrehen möchten.

Dazu: Es gibt freie Software ("Free Software"/"Open Source") und kostenlose Software ("Freeware"). In zweiterem ist oft Werbung verbaut, im ersteren bekommt man (von der Herstellerseite) keine Werbung.
Notepad++ gehört soweit ich weiß zur ersten Gruppe, deswegen von https://notepad-plus-plus.org/ herunterladen.

Du musst bei der Installation immer Expertenmodus oder erweiterte Installation statt empfohlene Einstellungen anklicken und dann alles abhaken was du nicht möchtest (meistens alles).

Generell ist es besser, von der Herstellerseite die Software herunterzuladen, aber das hilft nur bei manchen Programmen.

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Kann der Windoof Bootloader überhaupt nicht-Windows Systeme starten?

Ich würde Grub oder Syslinux für Dualboot mit Windoof benutzten.

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