Youtube hat die audio Files nur noch in sehr seltenen fällen als mp3 auf dem Server.
Jdownloader 2 ist NUR ein downloader. Die "MP3 Downloader" sind nicht nur Downloader, sondern re-encoden die Dateien nach mp3. Dafür gibt es 2 Wege: Direkt vom Stream Sampeln (so amchen es die MP3 download homepages) -> schlechte qualität. Oder runterladen und mit einem extra Programm re-encoden -> bessere qualität.
Es gibt einige extrem gute Kostenlose Programme die dies machen, darum hat JDownloader 2 kein eigenes implementiert.