Die Erklärung innerhalb der Story hast du schon von den anderen bekommen, die Erklärung außerhalb des star wars Universums ist relativ simpel: Während die ersten 6 Filme gedreht wurden hat noch niemand an ahsoka gedacht und es war nie geplant, dass sie oder eine ähnliche Figur in den Filmen vorkommt. Also ein Schüler von Anakin. Die Clone wars Serie entstand jedoch erst nach den ersten 6 Filmen und hier entschied man sich dann dafür, dass Anakin eine Begleitperson braucht, die nicht obi wan ist, damit sich die Story nicht wie in den ersten 3 Filmen nur um sie dreht und somit um einiges langweiliger wäre.

Ihre fehlende Existenz in Episode 3 wird dann damit in Clone Wars begründet, dass sie den Jediorden verlässt und sich absetzt.

In der letzten Staffel von Clone wars ist sie dann bei Rex, als die Order 66 ausgeführt werden soll, wodurch auch seine Abwesenheit beim Angriff auf den jeditempel erklärt wird.

Die Erklärung für sein fehlen in den Filmen ist dann jedoch wieder einfach: er war für die Filme nicht geplant und Episode 3 war eben schon lange vor dem Ende von clone wars herausgekommen.

Ich hoffe ich konnte helfen und mit dem Teil über Rex noch ein wenig zusatzwissen vermitteln.