Ich habe mittlerweile alles ausprobiert und sogar spaßeshalber mal alles gelöscht, einfach um zu sehen ob diese Verwerfungen noch da sind. Und tatsächlich selbst Objekte die gelöscht sind werden im nachhinein noch angezeigt und das mit diesen Fehlern.

Ich habe jetzt ein Plugin ausprobiert. Da es legal erworben ist war es nicht so billig (130€), aber qualitativ ist es wirklich gut.

Das mit den Sequenzen übereinanderlegen und der Transparenz wird im Netz komischerweise oft gelobt, funktioniert aber nur wenn sich etwas im Bild nur langsam, oder gar nicht bewegt. Da sich die Frames ja einmal mit 50 und dann nochmal mit 30% Transparenz wiederholen entsteht ja auch eine gewisse Unschärfe bis hin dazu das man richtig erkennt das Ebenen übereinander gelegt wurden. Daher kann ich diese Vorgehensweise nicht empfehlen.