Ist zwar schon älter, da ich aber gerade auf das selbe Problem gestoßen bin, hier was mir geholfen hat;
Zum belegen der Tasten JoytoKey vorausgesetzt.
Öffnet JoytoKey und klickt links euer Template an. Dann den 2. Reiter "Options" anklicken. Dann "configure". Anschließend "advanced settings for each device".
Bei Stick 2 stellt ihr auf:
Horizantal: RZ-Axis
Vertikal: Z-Axis
Jetzt dürfts funktionieren. ;)