Ich kann dich da, um ehrlich zu sein, sehr gut verstehen.
Es fällt auch mir immer ziemlich schwer, Figuren sterben zu lassen, einfach weil man so viel Zeit damit verbracht hat, sie zu "erschaffen" und man als (Hobby)Autor sich auch immer wieder in sie einfühlt.
Bei mir ging das sogar so weit, dass ich teilweise überlegt habe, dass Figuren, die von Anfang an tot waren, doch noch leben sollte, einfach weil auch die mir sehr ans Herz gewachsen sind.
Ich persönlich habe nichts dagegen, wenn Figuren sterben. Zumindest, wenn es gut beschrieben wird. Und man als Leser auch die Zeit und Möglichkeit bekommt, um seine eventuellen Lieblingsfiguren zu trauern.
Ich habe auch schone eine Hauptfigur sterben lassen (bzw. hinrichten lassen). Diese hatte eine Rebellion angeführt und starb im Wissen, dass andere die Rebellion fortführen werden.
Ich kann allerdings nicht sagen, wie ich auf den Tod der Hauptfiguren reagieren würde, da es (bei mir) sehr darauf ankommt, wie das umgesetzt wird. Ich habe schon Bücher gelesen, bei denen die Hauptfiguren starben, und die ich geliebt habe, aber auch welche, bei denen es mir überhaupt nicht gefallen hat. Aber das bin halt nur ich.
Wenn du denkst, dass es die richtige Entscheidung ist, deine Hauptfiguren (so wie ich das verstehe; glücklich) sterben zu lassen, dann wird das schon seine Richtigkeit haben.
Ansonsten kannst du auch beide Möglichkeiten schreiben/durchgehen und dann immer noch entscheiden.