Es gibt 2 Möglichkeiten:

1. Du gibst in dein FlatworldPreset "134;" ans Ende ein (ohne die " ), dann ist die gesamte Welt ein Sumpf und dass Wasser überall Sumpffarben...
2. Mit worldedit oder MCEdit das Biom in einem Bereich verändern:

https://youtube.com/watch?v=uZ32zHLCIWI