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Hi, meines Wissens nach, trennt das Komma in diesem Fall (Aufzählung) die verschiedenen Sprachen. es steht als zwischen Englisch und Deutsch. Da Deutsch+(Muttersprache) zusammen gehören und Englisch+(Gute Kenntnisse) ein Paar ist, würde ich es so schreiben:
... Deutsch (Muttersprache), Englisch (gute Kenntnisse)...