Die Stolpersteine werden von Teilen der jüdischen Gemeinde, allen voran die Vorsitzende der Jüdischen Gemeinde Deutschland Charlotte Knobloch, stark kritisiert. Dadurch, dass die Steine im Fußboden sind, werden die Opfer bzw. ihr Andenken symbolisch mit Füßen getreten. Dem stellt der Künstler Gunter Demnig gegenüber, dass man sich symbolisch vor den Opfern verneigt, wenn man sich bückt, um die Steine zu lesen. Kritik anderer Opfergruppen ist nicht bekannt, wohl aber von Hauseigentümern, vor deren Häusern Stolpersteine verlegt werden sollen. Sie fürchten z.B. rechtsradikale Übergriffe oder eine Wertminderung der Immobilie. Auch Holocaust-Gegner lehnen eine Verlegung von Stolpersteinen ab, da sie ihrer Gesinnung nach weder die Opfer noch ihr Andenken anerkennen. Politiker, die das Projekt ablehnen (es müssen Anträge für die Verlegung im gehsteig gestellt werden), folgen normalerweise der Argumentation der jüdischen Gemeinde.