Skype nutzt auch die %appdata%, das Problem hab ich auch... Versuch mal im Ausführen %appdata% einzugeben und nimm entweder den Ordner Skype oder den Ordner .minecraft da raus und irgendwo anders hin, z.B. unter downloads. Am besten du Trennst Skype und .minecraft voneinander, also auf eine Externe Festplatte oder nen USB stick das eine und das andere im PC. Ich hab Skype in den Ordner "Musik" und .minecraft in den Ordner "Downloads" verschoben, hat zwar nicht alles gefixt, aber viel. Was für ein PC nutzt du?

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