Als Tochter der Liebesgöttin Aphrodite und des Kriegsgottes Ares ist sie die Person des Ausgleichs der Gegensätze. Sie steht für Ebenmaß, Proportion und Harmonie. Ihre Geschwister sind Phobos („Furcht”) und Deimos („Schrecken”). Nach einer anderen Darstellung soll Harmonia Tochter des Zeus und der Elektra gewesen sein.
Sie wurde die Gemahlin des Kadmos, des Königs von Theben. An deren Hochzeitsfeier auf der Burg in Theben nahmen alle olympischen Gottheiten teil und die Musen sangen.
Harmonia erhielt von den anderen Gottheiten bemerkenswerte Brautgeschenke: Athena schenkte ihr Kleid, das die Grazien gewebt haben, das jedoch in Laster und Frevel getränkt war.
Von Aphrodite bekam sie ein von Hephaistos gefertigtes goldenes Halsband, das sie unwiderstehlich schön machte, aber allen späteren Trägerinnen Unglück und Verderben brachte. Dieser verhängnisvolle Schmuck wurde später von Polyneikes der Eriphyle übergeben, damit diese ihren Gemahl Amphiaraos zur Teilnahme am Krieg gegen Theben brachte.
Nach Eriphyles Tod bekam das Halsband ihre Schwiegertochter Arsinoe, dann Phegeus und Kallirrhoe. Doch überall brachte es nur Zwietracht und Mord, bis es endlich als Weihgeschenk im Tempel der Athena zu Delphi niedergelegt wurde. Doch auch hier brachte es noch Unglück, als sich nämlich der Tyrann Phayllos in die Gemahlin des Ariston, eines Feldherrn der Ötäer, verliebte. Ariston wollte sich aber Phayllos nur für dieses Halsband hingeben, worauf er es aus dem Tempel stahl und es ihr brachte. Darauf aber wurde ihr Sohn sehr wütend und zündete das Haus an und verbrannte es mit allen, was darin war.
Harmonia und Kadmos gründeten mit ihren sechs Kinder die Dynastie von Theben: den Polydoros, der Ino, der Autonoë, der Semele, den Illyrios und der Agaue.
Von Harmonia sollen auch die legendären Amazonen abstammen.
Die Göttin der Eintracht musste ein sehr Unglückliches Leben führen weil auch bei ihr die Brautgeschenke nachwirkten. Sie und ihr Gemahl wurden in Illyrien in Schlangen verwandelt.