Das müsste an den Kakao Bohnen liegen, die sind sehr bitter. Man muss zwar einen sehr empfindsamen Gaumen haben, um es bei brauner Schokolade zu schmecken, aber kann es mir nur so erklären. 

Bei weisser Schokolade hingegen sollte du keinen Nachgeschmack schmecken, da diese keine Kakaobohnen drinnen haben, bzw. nur Kakaobutter, welcher soweit ich weiss, keinen bitteren Geschmack hat.