Nun... Kommt ganz darauf an!
Beispielsweise wird bei einem 2 durchgang öffter mal zu hören bekommen, das dich die Figuren ( unbewusst oder bewusst ) wiedererkennen. und beispielsweise: wenn du Toriel killst und dann den letzten Speicherstand lädst um sie doch zu verschonen, dann wird Flowey dich daran erinnern das du sie ( In einer anderen zeitlinie ) ermordet hast.
Zudem ist es nach einem Genozid-Run nicht mehr möglich einen Pazifisten-Run zu machen ( außer natürlich man setzt das ganze Spiel zurück ).
Sonst ändert sich eigentlich nicht wirklich viel ...außer halt ein paar Dialoge...