Der Begriff Molekül wird in der Chemie uneinheitlich verwendet. Es gibt Abweichungen zwischen IUPAC-Definition und der deutschsprachigen Fachliteratur, aber auch in der deutschsprachigen Fachliteratur untereinander.

der Atomverband = zwei oder mehr Atome, die durch chemische Bindungen zusammengehalten werden

das chemische Molekül =
= durch eine chemische Formel beschriebener Atomverband, der folgende Merkmale hat:
1. Die Atome werden durch gerichtete starken chem. Bindungen zusammengehalten.
2. Die Summe aller vorkommenden Elementarladungen beträgt 0 Coulomb. (Dies schließt nicht aus, dass in verschiedenen Molekülteilen elektrische Ladungen wie z. B. in Zwitterionen (der Begriff ist irreführend, da es sich sehr wohl um chemische Moleküle handelt) von Aminosäuren vorkommen). Teilladungen von chem. Bindungen sind hier nicht gemeint, die können an jeder chem. Bindung im Molekül auftreten.
3. Es ist chemisch abgesättigt, das heißt, dass die Summe der Oxidationszahlen aller Atome im Molekül gleich 0 ergibt.
4. Es hat eine bestimmte Anzahl von Atomen verbaut (--> chem. Formel).
5. Es kann kein chem. Molekül in einem anderen chem. Molekül verbaut sein. d. h. es muss deutlich erkennbare Abgrenzungen zwischen beiden geben. Durch schwache Bindungen verbundene chem. Moleküle werden als Assoziate oder physikalische Moleküle bezeichnet.
6. Es muss in mindestens zwei stofflichen Zustandsformen stabil sein. Dies ist die Abgrenzung zum Festkörperkristall. Zum Beispiel existiert ein Kohlenstoffdiamant nur im festen Aggregatzustand und nicht in einer gelösten oder flüssigen oder gasförmigen Form und ist daher kein chem. Molekül, obwohl er alle vorherigen Merkmale erfüllt.
7. Während "kleine" Moleküle (Faustregel: bis ca. 1000 verbaute Atome) sich wie Teilchen verhalten und keine stofflichen Merkmale wie Schmelzpunkt, Brechungsindex zeigen, treten bei Makromolekülen immer mehr stoffliche Merkmale in Erscheinung. Das heißt mit zunehmender Molekülgröße werden Moleküle immer mehr dem chem. Stoff ähnlicher.

das Ion = ein elektrisch geladenes Atom oder elektrisch geladenes Molekül, bei dem die Summe aller elektrischen Ladungen nicht 0 Coulomb ergibt.

die zwei Unterschiede zwischen Molekül und Ion:
1. Das Ion trägt immer eine elektrische Nettoladung. Die Summe aller Ladungen ist beim Ion im Gegensatz zum Molekül nicht 0 Coulomb. Ein Molekül kann Ionenladungen tragen (muss aber nicht). Diese Ionenladungen müssen sich aber gegenseitig aufheben.
2. Ein Molekül besteht immer mindestens aus zwei Atomen (mindestens zwei Atomkerne mit Hülle). Ein Ion kann auch nur aus einem ionisch geladenen Atom bestehen (ein Atomkern mit nicht unbedingt vorhandener Atomhülle: H+-Ion).