Ist etwas anders wenn ich Nier Automata nach Ende E und Löschung des Spielstands noch einmal spiele? Oder ist Ende E wirklich einfach das Ende?

Ende E ist das sogenannte "True Ending", also das "richtige (wahre) Ende". 

Im Grunde ist die Story damit komplett abgeschlossen, du hast also alle 5 "Hauptenden" erreicht. Jetzt gibt es aber noch 21 weitere Enden, und wenn du deinen Spielstand hast löschen lassen, fang doch einfach von vorn an c: Aber soweit ich weiß, ist sonst nicht viel anders.

Du solltest es allerdings nochmal spielen (Meine Meinung). Die Story kommt dir mit dem jetzt erworbenen Hintergrundwissen nochmal ganz anders vor und du verstehst einige Dinge, die beim ersten Durchspielen sinnlos oder deplatziert wirkten.

Aber mach das, wie du willst. Wenn du Lust auf ein paar Ausraster hast, versuch doch mal den Spielmodus "Extrem" ;)