Ich habe in Pokemon Omega Rubin einen Blauen Edelstein. Nun frage ich mich wozu brauche ich den jetzt,weil man damit ja nicht Kyogre fangen kann oder?

Das ist richtig, du kannst Kyogre nur regulär im Spiel fangen, wenn du Alpha Saphir hast. Aber (!), wenn du Omega Rubin hast, kannst du Kyogre via Tausch/Wundertausch und/oder GTS erhalten.
Andersrum mit Alpha Saphir und Groudon. 

Da kannst du dann auch den blauen Edelstein einsetzen bzw. Kyogre geben. Der ist ja nur dafür da, die Protomorphose auszulösen, weshalb beide Editionen (OR sowie AS) beide Steine bekommen.
https://www.bisafans.de/spiele/editionen/omega-rubin-alpha-saphir/megasteine.php

- Haru

Ich habs schon durchgespielt ist schon nen weilchen her und so wie ichs verstanden habe ist der nur da um eben die beiden pokemon wieder in den Einklang zu bring zu mindest kannst du kein Kyogre fangen weils das in der Edition gar nicht vorhanden ist LG:)

Damit meinst du wohl die Rote und Blaue Kugel. Die sind dafür da, um bei Groudon bzw. Kyogre ihre Protomorphose auszulösen.

Nachdem du in Xenerovill Groudon gefangen hast, kannst du es mit der Roten Kugel in seine Proto Form bringen, falls du ein Kyogre mal erhälst, kannst du es dank der Blauen Kugel in seine Proto Form bringen.

Aber du kannst ihn doch per Tausch bekommen und dann mit dem Edelstein die Mega-Entwicklung auslösen.