Meines Wissens nach gibt es folgende Unterschiede:
Haben = etwas besitzen oder etwas getan haben
Machen = etwas gerade tun oder vorhaben zu tun
In diesem Zusammenhang würde ich folgendes sagen:
"Ergibt es Sinn?" bezieht sich darauf, ob etwas Sinn haben wird. --> z.B. "Hat das überhaupt einen Sinn jetzt etwas zu erwidern?"
"Macht das Sinn?" bezieht sich darauf, ob etwas, was man fest vor hat zu tun Sinn ergibt. --> z.B. "Macht es Sinn jetzt auf diese Aussage zu antworten?"
Etwas kompliziert, aber ich hoffe es hilft.