Was ist ein CATT-Haplotyp?
Was ist denn der Unterschied zwischen einem CATT-Haplotyp und einem Haplotyp (allgemein)? - die Zusammensetzung aus mehreren SNPs?
vielen Dank für eine Erklärung! 👍👍
1 Antwort
Der CATT-Haplotyp ist ein Haplotyp des Interferon-Gamma-Gens (IFNG) auf dem Chromosom 12. CATT steht für die Abfolge Cytosin-Adenin-Thymin-Thymin in der regulatorischen Region des IFNG. An dieser Stelle gibt es einen Polymorphismus, bei dem das Motiv CATT individuell unterschiedlich oft wiederholt wird, die Anzahl der Wiederholungen ergibt die verschiedenen Haplotypen.
Ein Haplotyp allgemein ist ein "haploider Genotyp", also die genetische Konstitution eines ganz bestimmten Chromosoms. Bei diploiden Organismen sind die Chromosomen paarweise vorhanden, deshalb hat jeder für jedes Chromosom eines Paares einen separaten Haplotyp (und beide zusammen ergeben den Genotyp). Ausnahme ist das Y-Chromosom, das nur bei Männern vorkommt und von dem jeder Mann nur eines hat. Das Y-Chromosom kommt also nur haploid vor. Auch die mitochondriale DNA liegt nur haploid vor, weil sie (fast) ausschließlich mütterlicherseits vererbt wird und ist für Haplotypenanalysen deshalb besonders gut geeignet.
Möglicherweise gibt es in dem Gen auch eine CATT-Region. Das kann natürlich sein. Eine Sequenz aus 4 Nukleotiden ist jetzt nicht sooo spezifisch, dass sie nur ein einziges Mal im Genom vorkäme.
okay, verstehe. und CATT-Haplotypen bzw. die Polymorphismen sind dann als Risiko quantifizierbar?!
"The CATT haplotypes derived from the four SNPs forming a LD block (rs3800373, rs9296158, rs1360780, rs9470080) were computed using PLINK and the number of copies (0, 1, 2) of the CATT haplotype was calculated for each participant. "
Nachtrag: Im MIF-Gen gibt's z. B. auch das CATT-Motiv: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37485818/
Genau. In dem Fall scheint es drei Haplotypen zu geben, je nachdem, ob das Motiv gar nicht, nur ein Mal oder zwei Mal vorhanden ist. Wenn das Motiv sich in der regulatorischen Region befindet, wirkt sich das natürlich auf die Aktivität des Gens aus.
okay super. Und noch zwei Fragen (falls erlaubt!) -
1. Ist CATT besonders leicht (de-)methylierbar, oder was ist da die besondere Signifikanz dieser Abfolge?
2. Was ist denn der Zusammenhang zwischen CATT und CNVs? Also zB bei FragileX Syndrom bestimmt die Wiederholung ja die Symptom-Schwere. Aber wenn ich es recht verstehe, müsste für jeden SNP neu bestimmt werden, welcher Haplotyp die Hochrisiko-Variante ist?
- DNA kann nur an Stellen mit der Base C methyliert werden.
- CATT-Haplotypen sind Kopiervarianten innerhalb eines Gens. CNVs (Copy Number Variants) sind hingegen Kopievarianten eines ganzen Gens. Beim Frag-X-Syndrom ist es so, dass Männer sowieso nur ein X-Chromosom haben, sie sind quasi in Bezug auf das X-Chromosom ohnehin haploid. Frauen haben zwei X-Chromosomen und auf diesen können die Genvarianten natürlich verschieden sein. Da das Frag-X-Syndrom aber dominant vererbt wird, erkranken Frauen auch dann, wenn sie nur einmal die defekte Mutation besitzen.
Hi - danke für die Erklärung, aber ich glaube, das kann nicht so ganz stimmen… zB lese ich gerade einen Artikel, indem vom CATT-haplotype in Zusammenhang mit FKBP5 die Rede ist, und FKBP5 liegt auf Chromosom 6…?!