Was ist der Unterschied zwischen einer Säule und einem Pfeiler?

Das kommt darauf an, ob man den Begriff "Säule" kunstgeschichtlich oder technologisch definiert.
Die klassiche antike Säule ist - wie schon von pharao richtig angegeben - von veränderlichem Quersschnitt. Außerdem verfügt sie über eine Basis, einen Schaft und ein Kapitell und unterliegt diversen "Ordnungen" (z.B.: dorisch, ionisch, korinthisch, ...).
Der Statiker ist da nicht so kleinlich und nennt auch einen Rundpfeiler (gleicher Querschitt, keine Basis, kein Kapitell) = Säule. Er spricht allgemein von Stützen (für punktförmige Lastabtragung, Gegensatz dazu: Scheibe). Für Stützen mit kreisförmigem Querschnitt wird des öfteren der Begriff Säule verwendet.

Laut dem Wörterbuch der Architektur: Pfeiler sind meist eckig und häufig aus Mauerwerk, Säulen sind meist rund und spiegeln häufig den jeweiligen (historischen) Baustil wider. 

Ein Pfeiler ist meist rund, rechteckig oder quadratisch mit immer denselben Maßen.

Eine Säule ist meist rund und verjüngt sich nach oben. Sie verändert also ihren Querschnitt.