Ist Tränen in den Augen haben eine Metapher?

Nein, denn hier wird "Tränen" in seiner realen, also lexikalischen Bedeutung verwendet.

Metapher wäre wohl: Er schaute in den Himmel, der lieferte schon seit dem frühen Morgen ununterbrochen Tränen. (Hier ist Niederschlag gemeint). Das mag etwa über die Stimmung des Betrachters aussagen. ((zugegeben, es gäbe bessere Beispiele, Goethe konnte das besser))