Wie funktioniert chemische Synthese?
Bei der chemischen Synthese wird eine Sonde oder Primer synthetisiert, indem Nukleotide einzeln hinzugefügt werden. So lässt sich jede gewünschte Sequenz synthetisieren.
Wie funktioniert das einzelne Hinzufügen der Nukleotide?
Wie wird kontrolliert wann dieser Prozess endet, sodass keine weiteren Nukleotide hinzukommen?
Wie lang kann so eine chemisch synthetisierte Sonde oder Primer werden?
2 Antworten
Du meinst vermutlich die Merryfield Synthese oder die PCR Reaktion. Beides kannst du entsprechend googeln.
Theoretisch kann man unendlich viele Synthescheritte aneinanderreihen, aber da es keine 100%ig eindeutige Reaktion ohne Nebenprodukte gibt, steigt auch die Anzahl der Fehler oder Abbrüche.
m.f.G.
anwesende
Die Merrifield-Synthese ist keine Oligonukleotid-Synthese, bei der Sequenzen aus Nukleotiden hergestellt werden, sondern eine Peptid-Synthese.
Die Verwendung einer Festphase kommt von der Merrifield-Synthese.
Phosphoramidit-Methode hab ich gemeint.
Ein Primer ist immer DNA abhängig. Du brauchst für die chemische Synthese also immer einen Matrizenstrang, wo du die komplementären Nukleotide hinzufügen kannst.
Die Nukleotide schwimmen frei im Cytoplasma rum und können von der DNA und RNA-Polymerase verwendet werden.
Ich weiß nicht inwiefern ihr ins Detail geht, aber du hast ja 5 Nukleotide (das 5. ist Uracil bei der RNA, nicht vergessen) und diese werden immer in 5‘ zu 3‘ synthetisiert.
Dabei hast du das 5‘ Phosphatende und das 3‘OH Ende. Beim Anfügen eines neuen Phospholipids werden 2 Phosphate des neuen Nukleotids abgespalten, damit dieser eine Esterbindung mit der OH Gruppe des schon bestehenden Nukleotids eingehen kann. Und dann sind die Dinge verbunden. Mit dem gegenüberliegenden Nukleotid werden bei der Replikation noch Wasserstoffbrückenbindungen eingegangen.
Nachtrag:
Die Replikation endet mit dem letzten Nukleotid welches den DNA Strang beendet.
Bei der Transkription hast du bei Bakterien meist eine Terminatorregion, wo die Transkription abbricht. Bei Eukaryoten wird meist weiter transkribiert und an anderer Stelle die Transkription gestoppt.
Und ein Primer sind meist 5-10 RNA-Nukleotide, an die dann bei der Replikation die DNA-Nukleotide angeknüpft werden. Die DNA Polymerase selbst hat auch die Fähigkeit, die RNA Primer später durch DNA-Nukleotide auszutauschen