Obwohl die CDU 16 Jahre regiert hat, sind die Probleme heutzutage alles hausgemacht?

(Da Du es speziell auf die CDU einschränkst.)

Keine Partei bekommt bei Antritt ihrer Regierungszeit ein "in jeder Hinsicht neutral dastehendes Deutschland" übergeben. Es gab genauso auch "Altlasten" die die CDU bereits vor den 16 Jahren Regierungszeit aus der Welt davor übernommen hat.

Alle Regierungen haben als Startsituation die Welt wie sie in dem Moment nun einmal ist. Das hat für die CDU bei Antritt ihrer (dann 16 Jahre dauernden) Regierungszeit genauso gegolten wie jetzt für die Ampel-Koalition oder alle anderen Regierungen davor.